Pada tahun 1960/1961, Yayasan Yohanes Gabriel, yang beralamatkan di Jalan Residen Sudirman No. 3 Surabaya, mendirikan SMA Katolik Putri Mater Amabilis dan disahkan pemerintah sebagai SMA Swasta berdasarkan Piagam SMA Swasta No. 59/435 tanggal 1 September 1961, dan berlokasi di Jalan Teratai 2-b Surabaya. Pada awal berdirinya, jumlah muridnya ada 37 orang siswa putri dalam satu kelas. Kehadiran SMA Katolik Putri Mater Amabilis adalah juga untuk memanfaatkan ruang kelas SMK Katolik Mater Amabilis yang tidak digunakan, karena kebijakan pemerintah yang menutup sekolah kejuruan pada waktu itu.

Pada tahun yang sama, tahun 1961, para suster merasakan kebutuhan akan sekolah menengah atas (SMA), yang menjadi kelanjutan jenjang SMP Katolik Putri Santa Agnes. Berhubung tidak boleh ada 2 (dua) SMA di satu paroki, maka pada tahun 1963, SMA Katolik Putri Mater Amabilis, yang didirikan oleh paroki, diserahkan pengelolaannya secara resmi oleh Yayasan Yohanes Gabriel kepada para Suster SSpS di bawah Yayasan Yoseph.

Setelah penyerahan tersebut, SMA Katolik Putri Mater Amabilis diganti namanya menjadi SMA Katolik Putri Santa Agnes, disesuaikan dengan nama SMP Katolik Putri Santa Agnes, milik Yayasan Yoseph yang telah ada terlebih dahulu. Hal itu dikukuhkan dengan Surat Keputusan Perwakilan Departemen Pendidikan & Kebudayaan Daerah Jawa Timur No. 0/4523/J. St/63 dan dikuatkan lagi dengan SK No. Penw/USMA/623/A.10/64. Dengan demikian, secara resmi SMA Katolik Putri Santa Agnes ditetap-kan berdiri pada tahun 1963, dan pada tahun itu juga, lokasinya berpindah dari Jalan Teratai No. 2-B ke Jalan Mendut 7-A Surabaya, satu kompleks dengan SMP Katolik Putri Santa Agnes.

Ketika diserahkan kepada Yayasan Yoseph, SMA Katolik Putri Mater Amabilis memiliki 143 siswa kelas X dan kelas XI Jurusan Sosial Ekonomi (SMA-C) dengan 3 (tiga) orang guru tetap, yaitu: Sukarsono, sebagai kepala sekolah, Valentinus Siswoyo dan Ibu AM Lianti (Na Liam Hwa) dan Sr. Jolentis, SSpS, sebagai pengelola sekolah.

Waktu itu sekolah hanya menerima siswa putri, Perkembangan jumlah siswa yang makin besar membutuhkan ruangan kelas dan fasilitas sekolah yang memadai, maka para suster merasa perlu untuk merenovasi kembali bangunan yang ada, menata ulang letaknya dan membangun yang baru, yaitu:

• tahun 1963, berhasil dibangun gedung kelas baru sehingga SMA Katolik Putri Santa Agnes dapat mengelola 8 (delapan) kelas;
• tahun 1970, selesai membangun aula dan tambahan gedung baru selesai dibangun tahun 1970 sehingga mempunyai 13 (tiga belas) kelas;
• tahun 1984, jumlah kelas menjadi 18 ruang;
• tahun 1993, membangun gedung perpusta-kaan, laboratorium komputer dan bahasa, ruang tata usaha, dan menambah 1 ruang kelas;
• tahun 2008-2009 menambah lagi ruang kelas, laboratorium komputer dan bahasa yang baru, café belajar, ruang audio visual, dan green house.

Mulai tahun 1973, tahap demi tahap sekolah menerima siswa pria, menjadikan berubahnya nama sekolah, yaitu SMA Katolik Santa Agnes, tanpa kata Putri lagi.

Perjalanan perubahan status dan nama sekolah:

• Dari sekolah “Berbantuan” menjadi “Diakui” pada tanggal 24 Januari 1984;
• Status menjadi “Disamakan” pada tahun pe-lajaran 1991/1992. Setelah melalui beberapa kali akreditasi, SMA Katolik Santa Agnes tetap mampu mempertahankan status Akreditasi A sampai sekarang;
• Memenuhi peraturan pemerintah, berdasar-kan Kurikulum 1994, nama sekolah berubah menjadi SMU Katolik Santa Agnes, pada tahun 1996, meski akhirnya nama sekolah kembali berubah lagi seperti nama semula, yaitu SMA Katolik Santa Agnes, pada tahun pelajaran 2024/2005;
• Tahun pelajaran 2008/2009 kembali ada pen-ambahan ruang kelas, laboratorium kompu-ter, laboratorium bahasa yang baru, kafe belajar, ruang audio visual, dan green house; dari tahun ke tahun SMA Katolik Santa Agnes selalu mampu mempertahankan status akreditasi “A” hingga sekarang.

Beberapa catatan yang menjadi bagian penting perjalanan:

Tahun 1965, dirintis pendirian Biara St. Agnes, yang menjadi tempat tinggal para suster, yang menyatukan semua suster yang berkarya di bidang pendidikan, termasuk para suster yang masih terus berkarya di sekolah-sekolah Paroki Kristus Raja Ketabang.

Tahun 1995, dimulai pembangunan gedung SMP Katolik Santa Agnes dan kantor yayasan, yang selesai pada tahun 1996. Pembangunan kemudian dilanjutkan dengan membangun Sport Hall bersamaan dengan pembangunan gedung Biara Santa Agnes yang baru dan asrama pada tahun 2006-2007.

Dalam perjalanannya, pemerintah menertibkan pengelolaan yayasan-yayasan yang ada di Indonesia, dengan mengeluarkan Undang-Undang RI No. 16 Tahun 2001 tentang Yayasan, yang antara lain mewajibkan semua yayasan untuk mendaftarkan diri kembali. Nama Yayasan Yoseph, yang menaungi SMP/SMA Katolik Santa Agnes dan SMK Katolik Mater Amabilis, ternyata telah dipakai oleh lembaga lain yang telah ter-lebih dahulu terdaftar di Departemen Hukum dan HAM, di saat pendaftaran ulang tersebut. Oleh karenanya nama Yayasan Yoseph harus diganti. Para suster pengurus yayasan waktu itu kemudian memutuskan untuk mengubah nama Yayasan Yoseph menjadi Yayasan Yoseph Freinademetz, yang secara resmi disahkan me-lalui SK Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia (HAM) RI No. C-3426.HT.01.02.TH.2007  

Sumber : Buku 100^th SSpS Provinsi Jawa “Menari Bersama Sang Api”