Pada awalnya Bernama Louisa Kliniek, milik perkebunan Gondang Tapen. Tahun 1936 para Suster kita masuk dengan pemimpin pertamanya Sr. Incamata untuk melayani perawatan dan administrasi sehari-hari, lalu suster-suster kita menamakannya Elisabeth Kliniek, sesuai dengan pelindung yang dipilih. Klinik dengan kapasitas 20 tempat tidur itu memang untuk melayani para karyawan perkebunan, dari yang mempunyai kedudukan sampai pekerja rendahan. Namun, para Suster kita tidak berhenti sampai di sana, melainkan turun ke kampung-kampung untuk memberikan pelayanan kesehatan.

Pada jaman perang, tahun 1943-1945, di mana para Suster Belanda diinternir, dua suster Jerman yang bertugas di rumah sakit ini juga sempat dipenjarakan karena tuduhan membantu mata-mata Belanda. Tetapi syukur, setelah satu minggu mereka dibebaskan dan langsung meneruskan pelayanan perawatan khususnya bagi para korban perang. Kemiskinan yang melanda masyarakat juga menimpa kehidupan para suster beserta rumah sakitnya. Air tajin dijadikan pengganti susu, dan kain gordyn menjadi pakaian bayi.

Pada akhir masa ini, rumah sakit diambil alih Pemerintah Indonesia, karena ditinggalkan begitu saja oleh orang Belanda pemiliknya. Praktis, para suster menjadi pegawai pemerintah. Mematuhi peraturan pemerintah yang mengharuskan pemakaian nama Indonesia, maka Louisa Kliniek menjadi Budi Rahayu.

Perang memang berakhir, tetapi kemiskinan tidak begitu saja berakhir. Klimaks terjadi pada saat peristiwa Gestok, di mana ada pihak tertentu yang ingin mengambil alih rumah sakit. Diperlukan perjuangan keras disertai kerja sama dengan rahmat Roh Kudus untuk memperoleh hak milik atas rumah sakit ini. Baru di tahun tujuh-puluhan rumah sakit menjadi milik kita secara sah, di bawah Yayasan Yosef.

Untuk mengembangkannya, masih diperlukan perjuangan lagi, karena tanah yang persis di belakang bangunan adalah milik tantara. Dengan pendekatan dan negoisasi, akhirnya tanah itu bisa ditukar dengan tanah lain milik kita. Dengan pembelian tanah tambahan di tahun 1990, terbukalah jalan untuk pengembangan.

Tahun 1992, diresmikanlah paviliun-paviliun serta fasilitas-fasilitas penunjang medis baru yang dibangun dengan bantuan Misserior. Sejak itu, perkembangan RSK Budi Rahayu sangat pesat khususnya dalam melengkapi sarana-prasarana yang dibutuhkan untuk peningkatan pelayanan. Kapasitas sekarang 120 tempat tidur.