Perkembangan karya pendidikan di Paroki Ketabang terjadi cukup pesat, hingga dirasakan kebutuhan akan Sekolah Lanjutan Tingkat Pertama (SLTP). Para Suster SSPS, melalui Yayasan St. Yoseph menanggapinya dengan mendirikan SLTP Putri Katolik St. Agnes, yang diajukan pendiriannya Pada tanggal 15 Mei 1952 Yayasan Yoseph Freinandemetz yang beralamat di Jl. Jimerto 18 Surabaya mengajukan ke inspeksi Sekolah Menengah Pertama Jawa Timur agar diijinkan untuk membuka SMP Putri Katolik Santa Agnes beralamat di Jl. Teratai 2B Surabaya.

Bersamaan dengan itu Sr. Gerentradis dan Sr. Adelgandis diusulkan untuk menjadi tenaga pengajar di SMP Putri Katolik Santa Agnes. Akhirnya pada Tanggal 21 Juli 1952 SMP Putri Katolik Santa Agnes resmi berdiri dan bertempat di Jalan Teratai 2B Surabaya dan pada tanggal 15 September 1952, SMP Putri Katolik Santa Agnes secara resmi diakui oleh Pemerintah berdasarkan Surat Kementrian Pendidikan dan kebudayaan, Inspeksi Sekolah Menengah Pertama No. 5259/SP/IX/52.

Kegiatan belajar-mengajar kemudian dilaksanakan di Jalan Teratai 2-B Surabaya (sekarang SMK Katolik Mater Amabilis). Baru di tanggal 1 Juli 1954, dengan diberkati oleh Bapa Uskup Surabaya, Mgr. Drs. J.A.M. Klooster, CM, SMPK Putri Santa Agnes secara resmi berdiri dan mempunyai gedung sendiri, yang berlokasi di Jalan Mendut 7-A Surabaya, dengan Kepala Sekolah Ibu Theresia Pranoto. Tahun 1986, de-ngan Kepala Sekolah Sr. Agustine, dilakukan akre-ditasi pertama dengan status Diakui. Pada waktu itu, SMPK Putri Santa Agnes hanya menerima siswa putri. Baru pada Tahun Pelajaran 1989, SMP Katolik Santa Agnes menerima siswa putra. Namanya pun berubah menjadi SMPK Santa Agnes. Saat ini, status Akreditasi SMPK Santa Agnes adalah A.

Perkembangan jumlah siswa yang terus meningkat menuntut penambahan fasilitas dan sarana prasarana sekolah. Mulai tahun 2018, secara bertahap dibangun dan dibenahi ruangan-ruangan yang diperlukan guna menunjang proses pembelajaran. Perbaikan ruang-ruang kelas, ruang guru, laboratorium, dan perpustakaan dilakukan guna memberi ruang yang seluas-luas-nya untuk pengembangan potensi setiap peserta didik.

Pada tahun 1986, SMP Putri Katolik Santa Agnes diakreditasi dan sejak saat itu status berubah menjadi DIAKUI berdasarkan Surat No.
667/J.04.7.4/E.8.85. SK tertanggal 7 September 1986. Pada tahun ajaran 1989-1990 SMP Putri Katolik Santa Agnes menerima siswa putra sehingga sejak saat itu namanya berubah menjadi SMP Katolik Santa Agnes.

Pada tahun 1990, SMP Katolik Santa Agnes diakreditasi kembali dan statusnya meningkat dari DIAKUI menjadi DISAMAKAN berdasarkan Surat No. 1232/1.40/I/1990 tertanggal 8 Oktober 1990. Pada tahun 2002, SMP Katolik Santa Agnes diakreditasi kembali dan statusnya meningkat menjadi TERAKREDITASI A hingga saat ini.

Sumber:

1. Sejarah (smpkstagnes.sch.id)
2. Buku 100^th SSpS Provinsi Jawa “Menari Bersama Sang Api”